El Club Leon Fue fundado el 20 de agosto de 1944 tras la fusión de la Selección de Guanajuato y el Union de Curtidores, bajo el nombre de Union-Leon en la Primera Division ante el Atlante de Horacio Casarin a las 12:00 del dia en la cancha del viejo Estadio Patria, y desde entonces se ha caracterizado por ser un equipo de garra, con espiritu ganador.

En la primera temporada (1943-1944) de la recien formada Liga Mayor no hubo equipo de Guanajuato asi que para la siguiente se busco la incursion de un club, este se crea a partir de una solicitud del Union de Curtidores que se fusiono con la Seleccion de Guanajuato cambiando su nombre a Union-Leon; la directiva comenzo a vender bonos por cantidades variables al publico para poder solventar los gastos que implicaba el tener un equipo en la maxima categoria; con el dinero recaudado la directiva contrato a Marcial Ortiz, Raul Varela, Alfonso Montemayor, Salvador Ramirez y Conrado Muniz, Vicente Serrano, Pepe Cortes, “Palitos” Ramirez, Elpidio Sanchez y Duilio Dobles siendo Joaquin Fuente tecnico de aquel conjunto.

Asi es aceptado para formar parte de la Liga Mayor en su segunda temporada (1944-1945). Se formo el primer equipo con los jugadores argentinos Miguel Rugilo como tecnico y portero titular, Battaglia defensa, y dos delanteros el argentino Marcos Aurelio que marco 14 goles, y Angel Fernandez, debutando en el Estadio Patria el 20 de agosto de 1944 contra Atlante que en ese tiempo era un club importante con jugadores como Horacio Casarin, Vantolrá, “Pel” Ramos, “Margarita” Gutierrez. Para derrotarlos 5-3, el primer gol del Leon fue conseguido por Salvador Ramirez; la primera temporada registro 27 puntos por 24 juegos, 10 triunfos, 7 empates, 7 derrotas, 56 goles a favor por 47 en contra. La siguiente temporada aparece otro equipo en la ciudad, el San Sebastian de Leon. En esta campaña quedan de nuevo en cuarto lugar de 16 equipos con 30 juegos, 17 triunfos, 4 empates, 9 derrotas para 38 puntos, el mejor anotador fue Alberto Mendoza con 24 goles.

En 1946-47 llegaron jugadores emblematicos como Adalberto Lopez, que se convierte en el primer campeon de goleo mexicano y del equipo al anotar 33 goles, tuvieron una gran campaña siendo subcampeones con 41 puntos, ya que en la ultima fecha empataron a ceros con Atlante y por un punto de diferencia perdieron el titulo, aunque mantuvo una racha de 14 juegos sin perder. Otro importante elemento fue Marcos Aurelio que destaco con 16 goles. Un hecho desafortunado se presento precisamente en el juego contra Atlante que definiria el campeon, ese encuentro se desarrollo en la ciudad de Mexico el 1 de junio de 1947 en el nuevo Estadio de los Insurgentes (Ahora Estadio Azul) cuando tocaba celebrarse en Leon, debido a una epidemia de Fiebre aftosa que azotaba la region del Bajio fue cambiado de sede, esa circunstancia beneficio directamente al Atlante. Otro hecho que pasaria a la historia se dio en el partido contra America, el 9 de mayo de 1946 luego de que Florencio Caffarattti tocara accidentalmente un cable de electricidad tras la porteria de Leon, al darse cuenta de lo sucedido, Alfonso Montemayor se lanzo a salvar al argentino logrando arrancarlo del cable. Posteriormente, Caffaratti entregaria a Montemayor una monedita de oro con la inscripcion: “F. Caffaratti en agradecimiento a Montemayor”.